Bedingt durch technischen Verschleiß, aber auch durch Kriegsfolgen (insbesondere nach dem Ausbau der Fenster) waren die Orgeln in den 50er Jahren so schadhaft geworden, dass eine Erneuerung unabweislich wurde. Diese konnte 1963 in Angriff genommen werden. Nacheinander entstanden eine neue Chororgel (Fa. Rieger, A-Schwarzach), die Michaelsorgel im Turmchor (Fa. Späth, Ennetach) und schließlich die neue Hauptorgel, die Marienorgel (ebenfalls Fa. Rieger, A-Schwarzach).
Um der besseren akustischen Wirkung im Hauptschiff willen kam letztere nicht auf die Empore zu stehen, sondern wurde an der Seitenwand davor aufgehängt. Der bemerkenswerte Prospekt, Ergebnis langwieriger Planungen, stammt von Jacob Schmidt. Die Marienorgel gehört damit zu den markantesten Orgelbauten aus den 60er Jahren des 20. Jahrhunderts.
Bei der dänischen Fa. Marcussen wurde 1965 zuletzt die neue Schwalbennest- bzw. Langschifforgel in Auftrag gegeben. Das Instrument steht auf der alten historischen Orgelkanzel, die wie ein Schwalbennest an der Wand klebt, und orientiert sich in seinen Abmessungen - geringfügig vergrößert - am Werk Jörg Eberts. Zwei Skulpturen, die bekrönende Marienfigur und der Trompeter (Roraffe) am Orgelfuß, blieben über die Jahrhunderte erhalten. Sie sind Werke des Bildhauers Sixt von Staufen aus dem Jahr 1530.