Wenn man einmal davon absieht, dass das Freiburger Münster zur Ehre Gottes gebaut und dann unter das Patronat Unserer Lieben Frau Marias gestellt wurde, kann man fragen, wer der grundbuchrechtliche Eigentümer des Kirchenbaus ist. Als Ort des Gebets und des Gottesdienstes gehört das Münster in gewisser Weise allen Gläubigen aus der Dompfarrei, aus der Stadt Freiburg und aus der Erzdiözese Freiburg. Der Erhalt und die Nutzung muss aber stellvertretend für diese Menschen verwaltet werden. Hierzu ist ein Blick in die Geschichte erhellend.

Die mit der Säkularisation und der Errichtung der Erzdiözese aufgeworfenen Eigentumsfragen haben die Stadt, die Erzdiözese und die Dompfarrei am 9. Januar 1901 in einem Vertrag geregelt. Darin ist festgelegt, dass die Münsterfabrikstiftung juristischer Eigentümer des Freiburger Münsters ist und dass der Stiftungsrat der Dompfarrei die Münsterfabrik verwaltet. Erster Vorsitzender des Stiftungsrates ist der Dompfarrer.

Als grundbuchrechtlicher Eigentümer ist die Münsterfabrik zunächst in allen Bereichen des Münsters baupflichtig. Neben den Münsterfabrikfonds, der bis heute die Pflege der Dächer, des Steinwerks und der Skulpturen im Innern, der Hauptportalhalle und des Freiburger Fastentuchs verantwortet, trat mit der Erzdiözese der Domfabrikfonds, der für die besonderen Bedürfnisse einer Bischofskirche eingerichtet wurde. Beide Stiftungen werden aus überwiegend kirchlichen Geldern gespeist. Dompfarrei und Erzdiözese unterhalten die Altäre, die Glocken, die Orgeln, die Heizung und die Gottesdienste. Auch über entsprechende größere Baumaßnahmen der Münsterfabrik entscheiden Erzdiözese und Dompfarrei unter Einbezug des staatlichen Denkmalamtes gemeinsam, die Bauleitung übernimmt das Erzbischöfliche Bauamt.

Um zum Erhalt des Münsters beizutragen, haben Ende des 19. Jahrhunderts engagierte Bürgerinnen und Bürger der Stadt Freiburg den Münsterbauverein gegründet. Der Verein und seine Bauhütte haben das Ziel, das äußere Steinwerk des Münsters zu erhalten, zu pflegen und zu erneuern.  Der Münsterbauverein erhält dazu Zuwendungen der Kirche der Kirche, des Landes Baden-Württemberg sowie der Stadt Freiburg. Er hat eigene Einnahmen aus Mitgliederbeiträgen, aus Spenden und Vermächtnissen zur Verfügung.

Im Dezember 2000 gründeten drei Freiburger Bürger und ein Bankinstitut die gemeinnützige Stiftung Freiburger Münster, deren Erträge zu je 50% an Münsterfabrikfonds und Münsterbauverein fließen und zu der man jeden beliebigen Betrag zustiften kann. Auch kann die Stiftung rechtlich unselbständige Stiftungen, die den Namen des Stifters tragen, treuhänderisch verwalten.