Das war bei Baubeginn um das Jahr 1200 anders. Damals gehörte Freiburg zum Bistum Konstanz und das Freiburger Münster entstand als Pfarr-, Stadt- und Bürgerkirche. Noch heute ist dies an der Lage des Münsters ersichtlich. Es liegt inmitten der Altstadt und steht zentral auf dem Münsterplatz, der als Marktstandort dient. Seinen Charakter als Bürger- und Marktkirche, der das Bewusstsein der Freiburger Bevölkerung weiterhin prägt, behielt das Münster auch bei, als es 1827 bei der Gründung der Erzdiözese Freiburg zugleich Bischofskirche wurde. Der damalige Münsterpfarrer Bernhard Boll wurde von Papst Leo XII. zum ersten Freiburger Erzbischof ernannt.
Der neue Status des Münsters kommt unter anderem darin zum Ausdruck, dass die bischöfliche Cathedra, der Lehrstuhl des Freiburger Erzbischofs, im Münster steht. Von der Cathedra erhält das Münster auch seine Bezeichnung als Kathedrale. Zugleich macht das Freiburger Domkapitel durch seine Bestuhlung im Chorraum den Status des Münsters als Diözesan- und Bischofskirche sichtbar.
Seit Mitte des 19. Jahrhunderts wuchs die Bevölkerung der Stadt Freiburg beständig. So kam es in neuen Stadtteilen zu Neuerrichtungen von Pfarreien. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurden alle römisch-katholischen Pfarreien im Stadtgebiet zum katholischen Stadtdekanat Freiburg zusammengeschlossen, so dass das Münster seither wieder zentrale katholische Stadtkirche ist. An der Pfarr- und Stadtkirche ist es folgerichtig üblich, dass die Ämter des Dompfarrers und des katholischen Stadtdekans in einer Person vereinigt sind, wobei der Dompfarrer als Dekan gewählt werden muss.
Aufgrund seiner Geschichte und der heutigen Mehrfachfunktion als römisch-katholische Pfarr-, Stadt- und Bischofskirche sind in allen liturgischen und sonstigen Nutzungsfragen des Münsters immer der Erzbischof, das Domkapitel und die Dompfarrei mit dem Dompfarrer und ihren Gremien zuständig.